Последние годы жизни Чебышёва протекали тихо, без каких либо значительных событий. Постоянная загруженность работой не позволила создать семью. Одним из наиболее важных событий последних лет жизни Чебышёва стало награждение его орденом Почётного Легиона, который по представлению Парижской Академии наук Франции математик Шарль Эрмит писал Чебышёву: " … Вы являетесь гордостью науки в России, одним из первых геометоров Европы, одним из величайших геометров всех времён ." 8 декабря 1894 года утром Пафнутий Львович Чебышёв умер, сидя за письменным столом. Накануне был его приёмный день и он сообщал ученикам планы своих работ и наводил их на мысли о темах для самостоятельного творчества. И на следующий день он встал, оделся. Сам заварил чаю, налил стакан. В столовой никого не было. Через несколько минут прислуга, вошедшая в комнату, нашла его сидящим за столом, но уже мертвым. А стакан был горячий, и из него поднимался белесый парок...

В ста километрах от Москвы и в пяти от ст. Балобаново Киевской железной, дороги в живописной местности близ реки Истьи расположено небольшое село Спас на Прогнаньи. В нем есть церковь, построенная предками Чебышёва. На северной стороне церковного двора похоронены отец и мать Чебышёва. Под колокольней в наглухо замурованном склепе погребены П.Л. Чебышёв и его два брата. П.Л. Чебышёв умер, но его гениальные идеи, его книги живы и будут жить в трудах многочисленных продолжателей его научно-педагогического дела.