Бернар жил на заводе им. Святого Медарда до 18 лет. Около 1795 г. он уехал из дома, чтобы начать обучение в городе Оксерр в 80 милях от Дижона под руководством Фреми (его внук - выдающийся химик Эдмунд Фреми). Бернар провел три года в аптеке у Фреми и стал интересоваться практической химией. Около 1798 г. его пригласили занять должность в химической лаборатории Антуана Франсуа де Фуркруа в Политехнической Школе в Париже. Это произошло благодаря поддержке его крестного отца Барнарда Маре, парижского дипломата.

За два года до поступления Бернара в Политехническую Школу она была реорганизована со значительным сокращением финансирования. С 1799 г. студенты стали обучаться два года вместо трех, однако курс химии остался в прежнем объеме. Химию в то время преподавали три выдающихся профессора: Гитон де Морво, Фуркруа и Бертолле.

Сильное влияние на Бернара Куртуа оказало знакомство с Луи-Жаком Тенаром. После службы в армии в 1799-1801 гг. (в качестве фармацевта в военных госпиталях) Куртуа стал работать в лаборатории Тенара. Примерно в это время Арман Сеген, бывший помощник Лавуазье, открыл научно-исследовательскую лабораторию в Школе. Так как Сеген был поставщиком кожи для обуви армий Наполеона, он был богатым человеком и имел возможность финансировать научные работы [5]. Одним из его исследовательских проектов было изучение опиума, которое он поручил Бернару в 1802 году, когда тот перешел в лабораторию Сегена. Однако в 1804 году Политехническую школу реорганизовали, и Сеген покинул ее. В том же году Бернар ушел из колледжа, чтобы помогать селитряному делу своего отца Париже.