В 1900 году Александр Флеминг вступил в Лондонский шотландский полк. Флемингу нравилась военная жизнь, он заслужил репутацию первоклассного стрелка и ватерполиста. Но к тому времени англо-бурская война уже закончилась, и Флемингу не довелось служить в заморских странах.

После вступления Британии в первую мировую войну Флеминг служил капитаном в медицинском корпусе Королевской армии, участвовал в военных действиях во Франции.