Еще в 1991-м под руководством Лопатина появилось 29-е, исправленное и дополненное, издание Орфографического словаря русского языка , который до того на протяжении 15 лет не дополнялся и выходил только стереотипными изданиями (последним дополненным было 13-е издание 1974 года). Но уже с самого начала 1990-х была поставлена задача подготовки принципиально нового - и по объему, и по характеру вводимого материала - большого орфографического словаря. Он был опубликован в 1999 году под названием Русский орфографический словарь и включил 160 тысяч словарных единиц, превзойдя по объему прежний более чем в полтора раза. Годом позже был выпущен Проект Свод правил русского правописания. Орфография. Пунктуация .

Новый свод был призван регламентировать написания возникшего в языке второй половины ХХ века языкового материала, устранить недостатки, которые обнаружились в своде 1956 года, и привести правописание в соответствие с современным уровнем лингвистики, предлагая не только правила, как было в своде 1956 года, но и научное их обоснование. Новым было и то, что допускалась вариативность некоторых написаний. Опасаясь повторения истории с проектом 1964 года, члены орфографической комиссии не сообщали до времени о подробностях, однако не учли того, что общественность в середине 1960-х уже была отчасти подготовлена недавним сводом 1956 года и дискуссией в педагогической периодике.

Обсуждение в широкой прессе началось в 2000 году, а поскольку инициировали его неспециалисты, то членам комиссии и рабочей группы пришлось занимать разъяснительно-оборонительную позицию. Эта неблагоприятная для нового проекта дискуссия продолжалась примерно до весны 2002 года. В этой ситуации дирекция Института русского языка уже было решила не подавать на утверждение составленные свод и словарь, и потому комиссия отказалась от самых ярких предложений, оставив преимущественно те, что регламентировали написание новых слов.

В конце концов в 2006 году был опубликован справочник Правила русской орфографии и пунктуации под редакцией Владимира Лопатина, который был предложен специалистам для обсуждения, уже без радикальных перемен. Таким образом, вопрос изменений в современном правописании еще не закрыт. В 2005 году вышло новое, исправленное и дополненное, издание Русского орфографического словаря объемом около 180 тысяч слов. Этот нормативный словарь утвержден Академией наук.