Средние века — период в истории человечества, находящийся между Древним миром и Новым временем. Принято считать, что этот период охватывает время с 476 года (падение Западной Римской империи) до середины 17 века. Средневековье характеризуется расцветом монотеистических религии (в частности христианством), упадком науки и искусства, распадом античных империй, феодальным строем и феодальной раздробленностью.

Данная часть экспозиции музея насчитывает 28 единиц хранения. Вещественными источниками средневекового периода в экспозиции музея являются: фрагменты ручек и донышек средневековых кувшинов, фрагменты средневековой черепицы и колиптер, 16 фрагментов поливной керамики и поливных блюд, 2 средневековых гвоздя, 6 средневековых херсонесских монет, оселок — точильный камень, бусинка, найденная в одной из могил на Базилике Крузе, а также фрагменты средневековых амфор V—X веков (горло, ручка, донышко).